ゴーストIX/ステラーIXに適したケース

セミハードケースは、フタの付け根の部分が多少伸縮しますので、ステラーIXもスポンジを外さず、そのまま収納が可能です。実際、このまま持ち運ぶ方も多いです。

ただし、フタのポケット内に物が多く入っていたり、フタと常に接触はする形になりますので、気になる場合はスポンジを外し、横に倒して収納いただく必要があります。

その場合、ケース内で動かないように収める場合は外したスポンジを加工する、緩衝材を用意するなどで対応できるのでしょうか。

はい、可能です。スポンジを外した状態での比較的お手軽な収納方法に、ストリングの束を一緒に入れるという方法がございます。
ただし中に入れるヨーヨーの個数次第では、かなりの量のストリングを入れる必要があります。
初期搭載のスポンジをカットする方法は、最初からある穴の大きさの都合上、キレイにあわせるのは難しいかもしれませんので、同じ大きさにカットした別のスポンジを加工していただくほうが良いかもしれません。