アルマイトへの影響

私自身も、アルマイトされているヨーヨーをよくハンドソープで洗っています。

アルマイト処理が落ちたりヨーヨー本体に悪い影響が起きることは考えられるでしょうか？

アルマイト自体に影響はないのですが、アルマイトが剥げた傷の部分や、えぐれた部分は、黒ずみやすくなります。また、多少ですが洗う前と使用感が変わることがあります。
また、軸穴の内部などアルマイトがされていない部分は錆びる可能性が高くなりますので、必ず綿棒などで拭き取ったあと、風を当てて確実に乾燥させるのがおすすめです。

そのうえで、ほとんどのヨーヨーはあくまで丸洗いをすることを前提として作られていませんので、あくまで自己責任で作業していただくこととなります。

またこの時中性洗剤ではなく弱酸性のハンドソープなどでも代用できますでしょうか？

私は、ハンドソープで問題なく洗えております。